A→B→Cと乗り継ぐ場合で２便のチケットを別々に購入した場合、必ずA空港のチェックインカウンターに行きB空港で乗り継ぐことを告げて手続きしてください。そうすればB空港で預入荷物が自動的に乗継便に移し替えられます。オンラインチェックインできる人は２つの便のオンラインチェックインをしてからANAカウンターで乗継手続きをしてください。ANAのウェブサイトなどで一発でA→Cの乗継チケットを購入した場合は（下図）、購入時からANAが乗継と認識しているので、A空港のカウンターで乗継の手続きをしなくても、問題なく乗り継げます（B空港でのチェックイン不要で、預入荷物も自動的に移し替えられます）。

Q1の図で示した一発購入がお得です。24年11月末にQ1図のとおり購入したところ往復48020円で別々に買うより7400円お得でした。ただし、ANAタイムセールでは１便１万円以下で売ることがあるので、別々購入が安くなったりします。別々購入した場合、必ず出発空港のチェックインカウンターで乗継であることを告げて必要な手続きをしてください。

Q1の図で示した一発購入して、かつ、大阪で１泊して乗り継ぐとき、黙って預け入れ荷物を預けると荷物だけ大阪を素通りしてしまいます。必ず出発空港のチェックインカウンターで預け入れ荷物を大阪で降ろすよう告げてください。乗継２便を別々に購入したときも同じように明確に告げてください（マイレージ会員はシステムが乗継と認識するので）。

A→B→Cと乗り継ぐ場合でBへの到着が遅れて乗り継げなかった場合、その後に出発するB→C便に空席待ちで搭乗いただくことになります。または、B→C便の航空賃の払戻しを440円の払戻手数料なしで受けることができます（ANA都合で遅れた場合も悪天候などで遅れた場合も）。

翌日に乗り継ぐ場合の宿泊費は、航空会社都合で遅れて乗り継げなかった場合（機材故障など）は航空会社負担（上限15000円ほど）、その他の場合（台風など）はお客様の負担になります（ホテルはお客様で確保）。

A→B→Cと乗り継ぐ予定で、A→Bが遅れてB→Cの乗継便に乗れなかった場合、その理由が悪天候や機材整備などである場合は（お客様の個人的な事情でない場合は）、乗継便航空賃の払戻しを受けることができます。払戻手数料（通常440円）もかかりません。

ANA→JALの場合、出発空港のカウンターで乗継を告げて手続きをすれば預入荷物は乗継便に移し替えられます。チェックインについては、大阪伊丹空港の場合、乗継用の通路を通ってJAL側に入り搭乗することになります。ANA/IBEX共同運航便をANAで購入した場合も同じです。これをIBEXで購入した場合は(便名がANA3179でなくてIBX79等になっている場合は)、預入荷物がなくても乗継空港で一旦外に出て保安検査から入る必要があります。

A→B（伊丹）→Cと乗り継ぐ場合、伊丹空港では乗継必要時間が25分と定められています（ANA同士の乗継必要時間は伊丹25分、那覇30分、新千歳20分）。両方ANAで乗り継ぐ場合、A空港カウンターで乗継の手続きを終えていれば（ANAサイトで一発購入なら乗継手続き不要）、B空港でのチェックインや保安検査は不要です。また、搭乗口に10分前まで行けなくても、ある程度（現場の判断による）は許容されます。ただ、例えば鹿児島1735→1845伊丹1915→2020福島と乗り継ぐ場合、乗継時間は30分なので乗継可能ですが、最終便なのでリスク回避のためひとつ前の便で乗り継ぐことを考慮した方がいいでしょう。